【前回までのあらずじ】FINAL FANTASY Ⅵ 1-1
魔大戦
すべてを焼きつくしたその戦いが終わったとき，
世界から「魔法」という力が消え去った
そして1000年…
鉄，火薬，蒸気機関
人々は機械の力を使い，
世界をよみがえらせた
今またここに
伝説となった「魔法」の力を復活させ
その強大な武力によって
世界を支配しようとする者がいる…
人はまた
そのあやまちを
くり返そうとしているのか…
ガストラ帝国に操られていた、生まれながらに魔導の力を持つ少女、ティナは炭鉱都市ナルシェでの作戦中に失踪し、ナルシェの反帝国組織「リターナー」のメンバーの家で意識を取り戻したが、記憶を失っていた。帝国に操られてナルシェへ侵攻した手前、ナルシェ自警団「ガード」とティナ取り戻そうとする「帝国」との両方に追われるティナ。
逃走中、リターナー側のトレジャーハンターロックの助力を得て砂漠の城フィガロへ逃亡。フィガロ王エドガーを頼ることとなる。
しかしほどなく帝国皇帝直属の魔道士「ケフカ」がティナを追ってフィガロに訪れる。話をはぐらかしティナを匿うエドガーに対し、ケフカは城に火を放つ。城の者たちは砂漠に城ごと潜航する(装置がある)ことで避難し、エドガー、ロック、ティナはチョコボに乗ってサウスフィガロへ向かう。
サウスフィガロからサーベル山脈のリターナー本部へ向かうこととなった3人は途中のコルツ山でエドガーの弟マッシュを仲間に加える。
リターナー本部に到着。リターナーとしてはティナの魔導の力が頼りだったが、それを無理強いすることは帝国と同じだとして、リターナーと協力して帝国と戦うか否かはティナ自身の判断に委ねたが、若くして記憶をなくした少女には酷な選択だった。しかし、迷っている時間も与えられぬまま、サウスフィガロを経由して帝国がリターナーに迫る。
ロックはサウスフィガロで帝国の足止めをするため、単身サウスフィガロへ踵を返し、ティナ、エドガー、マッシュ、そしてリターナーの指導者バナンの4名はイカダで川を下りながらナルシェへ避難することを選ぶ。